Vacuolen zijn kleurloze blaasvormige uitsparingen in het cytoplasma of kern van de cel en bevatten opgehoopt materiaal (afval). Vacuolen zijn een teken van verhoogde metabole of fagocytaire activiteit en gaan vaak gepaard met andere toxische afwijkingen zoals hypergranulatie en lichaampjes van döhle. 

Vacuolen kunnen ook ontstaan als artefact in oud materiaal door contact met EDTA, in dat geval zijn andere toxische kenmerken afwezig en zijn de vacuolen vaak klein en uniform verdeeld.