Vacuolen zijn kleurloze blaasvormige uitsparingen in het cytoplasma. Lymfocyten zijn geen fagocyterende cellen, waardoor het vinden van vacuolen in deze cellen minder vanzelfsprekend is dan bij bijvoorbeeld neutrofielen en monocyten. 

Wanneer vrijwel álle lymfocyten vacuolen vertonen kan er sprake zijn van een metabole aandoening zoals bijvoorbeeld de ziekte van Batten. Soms zijn vacuolen in lymfocyten een aanwijzing voor een lymfoproliferatieve ziekte.