Les bâtonnets auers sont traditionnellement associés aux tumeurs malignes (aiguës) de la lignée myéloïde. Cependant, dans de très rares cas, ils peuvent également apparaître dans des tumeurs malignes lymphoïdes, le plus souvent décrites dans les dyscrasies plasmocytaires. Les connaissances sur le mécanisme d'origine et la pertinence clinique sont limitées, mais il est probable qu'ils reposent sur la cristallisation d'enzymes lysosomales.